English | 中文 | Español | 日本語 | Deutsch | Français | | | | ------- | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ | | CI/CD | [![pre-commit.ci status][precommit-badge]][precommit-link] | | Docs | [![Documentation Status][readthedocs-badge]][readthedocs-link] [![Preprint][preprint-badge]][preprint-link] | | Package | [![PyPI - Version][pypi-badge]][pypi-link] [![pypi download][pypi-download-badge]][pypi-download-link] [![Conda-forge badge][conda-forge-badge]][anaconda-link] [![Docker image][docker-badge]][docker-link] | | Meta | [![scverse-badge]][scverse-link] [![License][license-badge]][license-link] [![Star][star-badge]][star-link] [![Citations][citation-badge]][citation-link] | [precommit-badge]: https://github.com/Starlitnightly/omicverse/workflows/py310|py311/badge.svg [precommit-link]:https://github.com/Starlitnightly/omicverse/ [readthedocs-badge]:https://readthedocs.org/projects/omicverse/badge/?version=latest [readthedocs-link]:https://omicverse.readthedocs.io/en/latest/?badge=latest [preprint-badge]: https://img.shields.io/badge/DOI-10.1038/s41467.024.50194.3-368650.svg [preprint-link]: https://doi.org/10.1038/s41467-024-50194-3 [pypi-badge]: https://img.shields.io/pypi/v/omicverse [pypi-link]: https://pypi.org/project/omicverse [pypi-download-badge]:https://static.pepy.tech/badge/omicverse [pypi-download-link]:https://pepy.tech/project/omicverse [conda-forge-badge]: https://img.shields.io/conda/dn/conda-forge/omicverse?logo=Anaconda [anaconda-link]: https://anaconda.org/conda-forge/omicverse [docker-badge]: https://img.shields.io/badge/docker-image-blue?logo=docker [docker-link]: https://img.shields.io/docker/pulls/starlitnightly/omicverse [license-badge]: https://img.shields.io/badge/license-GNU-blue [license-link]: https://img.shields.io/apm/l/vim-mode [scverse-badge]: https://img.shields.io/badge/scverse-ecosystem-blue.svg?labelColor=yellow [scverse-link]: https://scverse.org/ [star-badge]:https://img.shields.io/github/stars/Starlitnightly/omicverse [star-link]:https://github.com/Starlitnightly/omicverse [citation-badge]:https://citations.njzjz.win/10.1038/s41467-024-50194-3 [citation-link]:https://doi.org/10.1038/s41467-024-50194-3
**`OmicVerse v2`**는 현대 전사체학 및 멀티오믹스 분석을 위한 통합 Python 프로젝트입니다. bulk RNA-seq, 단일세포 분석, 공간 전사체학, 시각화, 모델 기반 분석, 그리고 AI 보조 워크플로까지 포괄합니다. 자세한 내용은 우리의 논문을 참고하세요: [OmicVerse: a framework for bridging and deepening insights across bulk and single-cell sequencing](https://www.nature.com/articles/s41467-024-50194-3) > [!IMPORTANT] > > **별표를 주세요**, GitHub의 모든 릴리스 알림을 지연 없이 받으실 수 있습니다 ~ ⭐️ > > **OmicVerse**가 마음에 드시고 우리의 사명을 지원하고 싶으시면, 우리의 노력을 지원하기 위해 [💗기부](https://ifdian.net/a/starlitnightly)를 고려해 주세요.
별표 히스토리
## `1` [소개][docs-feat-provider] **OmicVerse v2**는 현대 전사체학 및 멀티오믹스 분석을 위한 통합 Python 프로젝트입니다. bulk RNA-seq, 단일세포 분석, 공간 전사체학, 시각화, 모델 기반 분석, 그리고 AI 보조 워크플로를 하나의 패키지와 문서 체계 안에 함께 제공합니다. > [!NOTE] > OmicVerse v2는 이제 단일 방법 중심 패키지라기보다 더 넓은 분석 플랫폼으로 구성됩니다. 핵심 분석 모듈 외에도 **J.A.R.V.I.S.** 기반의 에이전트형 워크플로, AI 클라이언트를 위한 MCP 기반 도구 서빙, 그리고 `omicverse_guide` 아래에서 계속 확장되는 문서 및 튜토리얼 시스템을 포함합니다. ![omicverse-light](https://raw.githubusercontent.com/Starlitnightly/ImageStore/main/omicverse_img/background_light.png#gh-light-mode-only) ![omicverse-dark](https://raw.githubusercontent.com/Starlitnightly/ImageStore/main/omicverse_img/background_dark.png#gh-dark-mode-only) ## `2` [디렉토리 구조](#) ````shell . ├── omicverse # 메인 Python 패키지 ├── omicverse_guide # 문서 파일들 ├── omicverse_web # 웹 분석 플랫폼 ├── sample # 일부 테스트 데이터 ├── LICENSE └── README.md ```` ## `3` [시작하기](#) OmicVerse는 conda 또는 pypi를 통해 설치할 수 있으며 먼저 `pytorch`를 설치해야 합니다. 더 자세한 설치 단계와 다양한 플랫폼(`Windows`, `Linux` 또는 `Mac OS`)에 대한 적응은 [설치 튜토리얼](https://starlitnightly.github.io/omicverse/Installation_guild/)을 참조하세요. 설치를 위해 `conda install omicverse -c conda-forge` 또는 `pip install -U omicverse`를 사용할 수 있습니다. [omicverse 페이지](https://starlitnightly.github.io/omicverse/) 또는 [omicverse.readthedocs.io](https://omicverse.readthedocs.io/en/latest/index.html)에서 문서와 튜토리얼을 확인하세요. ## `4` [J.A.R.V.I.S 시작하기](#) ### 4.1 OpenClaw OmicVerse는 이제 OpenClaw 프로젝트와 함께 직접적인 대화형 분석을 지원합니다. 예를 들면: ```bash omicverse claw 'help me annotate the lung scrna-seq' ``` 이 모듈은 `ov.Agent` 기반이며, 대화형으로 `AnnData`를 분석하는 데 적합합니다. 전체 튜토리얼은 [여기](https://omicverse.readthedocs.io/en/latest/Tutorials-llm/t_ov_agent_pbmc3k/)에서 볼 수 있습니다. ### 4.2 MCP 서버 (Model Context Protocol) OmicVerse는 등록된 분석 도구를 Claude Code 같은 AI 어시스턴트에 표준 [Model Context Protocol](https://modelcontextprotocol.io/)을 통해 노출하는 MCP 서버를 제공합니다. ```bash # MCP 의존성과 함께 설치 pip install -e "omicverse[mcp]" # 서버 시작 (stdio transport) python -m omicverse.mcp # 또는: omicverse-mcp python -m omicverse.mcp --phase P0 # 핵심 파이프라인 도구만 사용 ``` 전체 튜토리얼은 [여기](https://omicverse.readthedocs.io/en/latest/Tutorials-llm/t_mcp_guide/)에서 볼 수 있습니다. ### 4.3 J.A.R.V.I.S 메시지 시스템 휴대폰이나 메시지 채널에서 `AnnData`를 분석하고 싶다면 다음을 시도할 수 있습니다. ```bash # jarvis 의존성과 함께 설치 pip install "omicverse[jarvis]" # Telegram으로 J.A.R.V.I.S 시작 omicverse jarvis --channel telegram --token "$TELEGRAM_BOT_TOKEN" ``` 전체 튜토리얼은 [여기](https://omicverse.readthedocs.io/en/latest/Tutorials-jarvis/t_msg_bot_overview/)에서 볼 수 있습니다. ## `5` [데이터 프레임워크 및 참조](#) omicverse는 다음 네 가지 데이터 구조를 기반으로 한 인프라로 구현됩니다.
pandas anndata numpy mudata
--- 이 표에는 게시된 도구들이 포함되어 있습니다
Scanpy
📦 📖		 dynamicTreeCut
📦 📖		 scDrug
📦 📖		 MOFA
📦 📖		 COSG
📦 📖		 CellPhoneDB
📦 📖
AUCell
📦 📖		 Bulk2Space
📦 📖		 SCSA
📦 📖		 WGCNA
📦 📖		 StaVIA
📦 📖		 PyDESeq2
📦 📖
NOCD
📦 📖		 SIMBA
📦 📖		 GLUE
📦 📖		 MetaTiME
📦 📖		 TOSICA
📦 📖		 Harmony
📦 📖
Scanorama
📦 📖		 Combat
📦 📖		 TAPE
📦 📖		 SEACells
📦 📖		 Palantir
📦 📖		 STAGATE
📦 📖
scVI
📦 📖		 MIRA
📦 📖		 Tangram
📦 📖		 STAligner
📦 📖		 CEFCON
📦 📖		 PyComplexHeatmap
📦 📖
STT
📦 📖		 SLAT
📦 📖		 GPTCelltype
📦 📖		 PROST
📦 📖		 CytoTRACE 2
📦 📖		 GraphST
📦 📖
COMPOSITE
📦 📖		 mellon
📦 📖		 starfysh
📦 📖		 COMMOT
📦 📖		 flowsig
📦 📖		 pyWGCNA
📦 📖
CAST
📦 📖		 scMulan
📦 📖		 cellANOVA
📦 📖		 BINARY
📦 📖		 GASTON
📦 📖		 pertpy
📦 📖
inmoose
📦 📖		 memento
📦 📖		 GSEApy
📦 📖		 marsilea
📦 📖		 scICE
📦 📖		 sude
📦 📖
Geneformer
📦 📖		 scGPT
📦 📖		 scFoundation
📦 📖		 UCE
📦 📖		 CellPLM
📦 📖		 kb-python
📦 📖
Scaden
📦 📖		 BayesPrism
📦 📦 📖		 InstaPrism
📦 📖		 CellTypist
📦 📖		 latentvelo
📦 📖		 graphvelo
📦 📖
scvelo
📦 📖		 Dynamo
📦 📖		 CONCORD
📦 📖		 FlashDeconv
📦 📖		 Hotspot
📦 📖		 Banksy
📦 📖
STAR
📦 📖		 fastp
📦 📖		 featureCounts
📦 📖		 edgeR
📦 📖		 spaco
📦 📖		 gsMap
📦 📖
Monocle 2
📦 📖		 cell2location
📦 📖		 bin2cell
📦 📖		 CellCharter
📦 📖		 SpaceFlow
📦 📖		 SpatialDE
📦 📖
DoubletFinder
📦 📖		 scTenifoldKnk
📦 📖		 scFEA
📦 📖		 scMetabolism
📦 📖		 MEBOCOST
📦 📖		 Compass
📦 📖
--- **포함된 패키지가 게시되지 않았거나 프리프린트** - [1] [Cellula](https://github.com/andrecossa5/Cellula/)는 scRNA-seq 탐색을 위한 도구 키트를 제공합니다. 이러한 도구들은 일반적인 단일 세포 분석 작업을 수행합니다 - [2] [pegasus](https://github.com/lilab-bcb/pegasus/)는 수백만 개의 단일 세포의 전사체를 분석하는 도구입니다. 이는 명령줄 도구, python 패키지 및 클라우드 기반 분석 워크플로우의 기반입니다. - [3] [cNMF](https://github.com/dylkot/cNMF)는 단일 세포 RNA-Seq (scRNA-Seq) 데이터에서 유전자 발현 프로그램을 추론하기 위한 분석 파이프라인입니다. ## `6` [연락처](#) - Zehua Zeng ([starlitnightly@gmail.com](mailto:starlitnightly@gmail.com) 또는 [zehuazeng@xs.ustb.edu.cn](mailto:zehuazeng@xs.ustb.edu.cn)) - Lei Hu ([hulei@westlake.edu.cn](mailto:hulei@westlake.edu.cn)) ## `7` [개발자 가이드 및 기여](#) omicverse에 기여하고 싶으시면, [개발자 문서](https://omicverse.readthedocs.io/en/latest/Developer_guild/)를 참조하세요. ### 로컬에서 테스트 실행하기 테스트 의존성을 설치하고 `pytest`로 테스트를 실행합니다: ```bash pip install -e .[tests] # 또는 고정된 최신 요구 사항 설치 pip install -r requirements-latest.txt pytest ``` 선택적 `tests` extra 및 `requirements-latest.txt` 파일에는 이미 `pytest-asyncio>=0.23`가 포함되어 있으며, 이는 `tests/utils/` 디렉토리의 비동기 스트리밍 테스트에 필요합니다.



> [!IMPORTANT] > Omicverse를 홍보해주신 다음 WeChat 공식 계정들에게 감사드립니다. >

linux linux

## `8` [인용](https://doi.org/10.1038/s41467-024-50194-3) 작업에서 `omicverse`를 사용하시면, 다음과 같이 `omicverse` 발행물을 인용해 주세요: > **OmicVerse: a framework for bridging and deepening insights across bulk and single-cell sequencing** > > Zeng, Z., Ma, Y., Hu, L. et al. > > _Nature Communication_ 2024년 7월 16일. doi: [10.1038/s41467-024-50194-3](https://doi.org/10.1038/s41467-024-50194-3). 다른 관련 패키지들도 있습니다. 사용하시면 언제든지 참조해 주세요! > **CellOntologyMapper: Consensus mapping of cell type annotation** > > Zeng, Z., Wang, X., Du, H. et al. > > _imetaomics_ 2025년 11월 6일. doi: [10.1002/imo2.70064](https://doi.org/10.1002/imo2.70064). ## `9` [기타](#) 우리 프로젝트의 개발을 후원하고 싶으시면, afdian 웹사이트(https://ifdian.net/a/starlitnightly)로 가서 후원해 주세요. Copyright © 2024 [112 Lab](https://112lab.asia/).
이 프로젝트는 [GPL3.0](../LICENSE) 라이센스를 따릅니다. [docs-feat-provider]: https://starlitnightly.github.io/omicverse/