English | 中文 | Español | 日本語 | Deutsch | 한국어 | | | | ------- | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ | | CI/CD | [![pre-commit.ci status][precommit-badge]][precommit-link] | | Docs | [![Documentation Status][readthedocs-badge]][readthedocs-link] [![Preprint][preprint-badge]][preprint-link] | | Package | [![PyPI - Version][pypi-badge]][pypi-link] [![pypi download][pypi-download-badge]][pypi-download-link] [![Conda-forge badge][conda-forge-badge]][anaconda-link] [![Docker image][docker-badge]][docker-link] | | Meta | [![scverse-badge]][scverse-link] [![License][license-badge]][license-link] [![Star][star-badge]][star-link] [![Citations][citation-badge]][citation-link] | [precommit-badge]: https://github.com/Starlitnightly/omicverse/workflows/py310|py311/badge.svg [precommit-link]:https://github.com/Starlitnightly/omicverse/ [readthedocs-badge]:https://readthedocs.org/projects/omicverse/badge/?version=latest [readthedocs-link]:https://omicverse.readthedocs.io/en/latest/?badge=latest [preprint-badge]: https://img.shields.io/badge/DOI-10.1038/s41467.024.50194.3-368650.svg [preprint-link]: https://doi.org/10.1038/s41467-024-50194-3 [pypi-badge]: https://img.shields.io/pypi/v/omicverse [pypi-link]: https://pypi.org/project/omicverse [pypi-download-badge]:https://static.pepy.tech/badge/omicverse [pypi-download-link]:https://pepy.tech/project/omicverse [conda-forge-badge]: https://img.shields.io/conda/dn/conda-forge/omicverse?logo=Anaconda [anaconda-link]: https://anaconda.org/conda-forge/omicverse [docker-badge]: https://img.shields.io/badge/docker-image-blue?logo=docker [docker-link]: https://img.shields.io/docker/pulls/starlitnightly/omicverse [license-badge]: https://img.shields.io/badge/license-GNU-blue [license-link]: https://img.shields.io/apm/l/vim-mode [scverse-badge]: https://img.shields.io/badge/scverse-ecosystem-blue.svg?labelColor=yellow [scverse-link]: https://scverse.org/ [star-badge]:https://img.shields.io/github/stars/Starlitnightly/omicverse [star-link]:https://github.com/Starlitnightly/omicverse [citation-badge]:https://citations.njzjz.win/10.1038/s41467-024-50194-3 [citation-link]:https://doi.org/10.1038/s41467-024-50194-3
**`OmicVerse v2`** est un projet Python unifié pour la transcriptomique moderne et l'analyse multi-omique. Il couvre le bulk RNA-seq, l'analyse single-cell, la transcriptomique spatiale, la visualisation, l'analyse fondée sur des modèles et les workflows assistés par l'IA. Pour plus de contexte, veuillez lire notre article : [OmicVerse: a framework for bridging and deepening insights across bulk and single-cell sequencing](https://www.nature.com/articles/s41467-024-50194-3) > [!IMPORTANT] > > **Donnez-nous une étoile**, vous recevrez toutes les notifications de version de GitHub sans délai ~ ⭐️ > > Si vous aimez **OmicVerse** et souhaitez soutenir notre mission, veuillez envisager de faire un [💗don](https://ifdian.net/a/starlitnightly) pour soutenir nos efforts.
Historique des Étoiles
## `1` [Introduction][docs-feat-provider] **OmicVerse v2** est un projet Python unifié pour l'analyse moderne de la transcriptomique et des données multi-omiques. Il rassemble le bulk RNA-seq, l'analyse single-cell, la transcriptomique spatiale, la visualisation, l'analyse fondée sur des modèles et les workflows assistés par l'IA dans un même paquet et un même système de documentation. > [!NOTE] > OmicVerse v2 est désormais organisé comme une plateforme d'analyse plus large, et non plus comme un simple paquet centré sur une méthode. En plus des modules d'analyse principaux, il inclut des workflows de type agent via **J.A.R.V.I.S.**, un service d'outils basé sur MCP pour les clients IA, ainsi qu'un système de documentation et de tutoriels en expansion dans `omicverse_guide`. ![omicverse-light](https://raw.githubusercontent.com/Starlitnightly/ImageStore/main/omicverse_img/background_light.png#gh-light-mode-only) ![omicverse-dark](https://raw.githubusercontent.com/Starlitnightly/ImageStore/main/omicverse_img/background_dark.png#gh-dark-mode-only) ## `2` [Structure des Répertoires](#) ````shell . ├── omicverse # Package Python principal ├── omicverse_guide # Fichiers de documentation ├── omicverse_web # Plateforme d'analyse web ├── sample # Quelques données de test ├── LICENSE └── README.md ```` ## `3` [Commencer](#) OmicVerse peut être installé via conda ou pypi et vous devez installer `pytorch` en premier. Veuillez consulter le [tutoriel d'installation](https://starlitnightly.github.io/omicverse/Installation_guild/) pour des étapes d'installation plus détaillées et des adaptations pour différentes plateformes (`Windows`, `Linux` ou `Mac OS`). Vous pouvez utiliser `conda install omicverse -c conda-forge` ou `pip install -U omicverse` pour l'installation. Veuillez consulter la documentation et les tutoriels sur la [page omicverse](https://starlitnightly.github.io/omicverse/) ou [omicverse.readthedocs.io](https://omicverse.readthedocs.io/en/latest/index.html). ## `4` [Prise en main de J.A.R.V.I.S](#) ### 4.1 OpenClaw OmicVerse permet désormais une analyse interactive directe avec le projet OpenClaw. Par exemple : ```bash omicverse claw 'help me annotate the lung scrna-seq' ``` Ce module est pris en charge par `ov.Agent` et convient bien à l'analyse conversationnelle de `AnnData`. Le tutoriel complet est disponible [ici](https://omicverse.readthedocs.io/en/latest/Tutorials-llm/t_ov_agent_pbmc3k/) ### 4.2 Serveur MCP (Model Context Protocol) OmicVerse fournit un serveur MCP qui expose les outils d'analyse enregistrés aux assistants IA comme Claude Code via le standard [Model Context Protocol](https://modelcontextprotocol.io/). ```bash # Installer avec les dépendances MCP pip install -e "omicverse[mcp]" # Démarrer le serveur (transport stdio) python -m omicverse.mcp # ou : omicverse-mcp python -m omicverse.mcp --phase P0 # outils du pipeline principal uniquement ``` Le tutoriel complet est disponible [ici](https://omicverse.readthedocs.io/en/latest/Tutorials-llm/t_mcp_guide/) ### 4.3 Système de messagerie J.A.R.V.I.S Si vous souhaitez analyser `AnnData` depuis un téléphone ou un canal de messagerie, vous pouvez essayer : ```bash # Installer avec les dépendances jarvis pip install "omicverse[jarvis]" # Démarrer J.A.R.V.I.S avec Telegram omicverse jarvis --channel telegram --token "$TELEGRAM_BOT_TOKEN" ``` Le tutoriel complet est disponible [ici](https://omicverse.readthedocs.io/en/latest/Tutorials-jarvis/t_msg_bot_overview/) ## `5` [Framework de Données et Référence](#) omicverse est implémenté comme une infrastructure basée sur les quatre structures de données suivantes.
pandas anndata numpy mudata
--- Le tableau contient les outils qui ont été publiés
Scanpy
📦 📖		 dynamicTreeCut
📦 📖		 scDrug
📦 📖		 MOFA
📦 📖		 COSG
📦 📖		 CellPhoneDB
📦 📖
AUCell
📦 📖		 Bulk2Space
📦 📖		 SCSA
📦 📖		 WGCNA
📦 📖		 StaVIA
📦 📖		 PyDESeq2
📦 📖
NOCD
📦 📖		 SIMBA
📦 📖		 GLUE
📦 📖		 MetaTiME
📦 📖		 TOSICA
📦 📖		 Harmony
📦 📖
Scanorama
📦 📖		 Combat
📦 📖		 TAPE
📦 📖		 SEACells
📦 📖		 Palantir
📦 📖		 STAGATE
📦 📖
scVI
📦 📖		 MIRA
📦 📖		 Tangram
📦 📖		 STAligner
📦 📖		 CEFCON
📦 📖		 PyComplexHeatmap
📦 📖
STT
📦 📖		 SLAT
📦 📖		 GPTCelltype
📦 📖		 PROST
📦 📖		 CytoTRACE 2
📦 📖		 GraphST
📦 📖
COMPOSITE
📦 📖		 mellon
📦 📖		 starfysh
📦 📖		 COMMOT
📦 📖		 flowsig
📦 📖		 pyWGCNA
📦 📖
CAST
📦 📖		 scMulan
📦 📖		 cellANOVA
📦 📖		 BINARY
📦 📖		 GASTON
📦 📖		 pertpy
📦 📖
inmoose
📦 📖		 memento
📦 📖		 GSEApy
📦 📖		 marsilea
📦 📖		 scICE
📦 📖		 sude
📦 📖
Geneformer
📦 📖		 scGPT
📦 📖		 scFoundation
📦 📖		 UCE
📦 📖		 CellPLM
📦 📖		 kb-python
📦 📖
Scaden
📦 📖		 BayesPrism
📦 📦 📖		 InstaPrism
📦 📖		 CellTypist
📦 📖		 latentvelo
📦 📖		 graphvelo
📦 📖
scvelo
📦 📖		 Dynamo
📦 📖		 CONCORD
📦 📖		 FlashDeconv
📦 📖		 Hotspot
📦 📖		 Banksy
📦 📖
STAR
📦 📖		 fastp
📦 📖		 featureCounts
📦 📖		 edgeR
📦 📖		 spaco
📦 📖		 gsMap
📦 📖
Monocle 2
📦 📖		 cell2location
📦 📖		 bin2cell
📦 📖		 CellCharter
📦 📖		 SpaceFlow
📦 📖		 SpatialDE
📦 📖
DoubletFinder
📦 📖		 scTenifoldKnk
📦 📖		 scFEA
📦 📖		 scMetabolism
📦 📖		 MEBOCOST
📦 📖		 Compass
📦 📖
--- **Paquets inclus non publiés ou preprint** - [1] [Cellula](https://github.com/andrecossa5/Cellula/) est de fournir une boîte à outils pour l'exploration de scRNA-seq. Ces outils effectuent des tâches d'analyse de cellules uniques communes - [2] [pegasus](https://github.com/lilab-bcb/pegasus/) est un outil pour analyser les transcriptomes de millions de cellules uniques. C'est un outil en ligne de commande, un package python et une base pour les workflows d'analyse basés sur le cloud. - [3] [cNMF](https://github.com/dylkot/cNMF) est un pipeline d'analyse pour inférer les programmes d'expression génique à partir de données RNA-Seq de cellules uniques (scRNA-Seq). ## `6` [Contact](#) - Zehua Zeng ([starlitnightly@gmail.com](mailto:starlitnightly@gmail.com) ou [zehuazeng@xs.ustb.edu.cn](mailto:zehuazeng@xs.ustb.edu.cn)) - Lei Hu ([hulei@westlake.edu.cn](mailto:hulei@westlake.edu.cn)) ## `7` [Guide du Développeur et Contribution](#) Si vous souhaitez contribuer à omicverse, veuillez consulter notre [documentation développeur](https://omicverse.readthedocs.io/en/latest/Developer_guild/). ### Exécuter les tests localement Installez les dépendances de test et exécutez la suite avec `pytest` : ```bash pip install -e .[tests] # ou installez les dépendances les plus récentes fixées pip install -r requirements-latest.txt pytest ``` L'extra optionnel `tests` et le fichier `requirements-latest.txt` incluent déjà `pytest-asyncio>=0.23`, requis pour les tests de streaming asynchrones dans `tests/utils/`.



> [!IMPORTANT] > Nous aimerions remercier les comptes officiels WeChat suivants pour la promotion d'Omicverse. >

linux linux

## `8` [Citation](https://doi.org/10.1038/s41467-024-50194-3) Si vous utilisez `omicverse` dans votre travail, veuillez citer la publication `omicverse` comme suit : > **OmicVerse: a framework for bridging and deepening insights across bulk and single-cell sequencing** > > Zeng, Z., Ma, Y., Hu, L. et al. > > _Nature Communication_ 16 Juil 2024. doi: [10.1038/s41467-024-50194-3](https://doi.org/10.1038/s41467-024-50194-3). Voici quelques autres packages connexes, n'hésitez pas à les référencer si vous les utilisez ! > **CellOntologyMapper: Consensus mapping of cell type annotation** > > Zeng, Z., Wang, X., Du, H. et al. > > _imetaomics_ 6 Juin 2025. doi: [10.1002/imo2.70064](https://doi.org/10.1002/imo2.70064). ## `9` [Autre](#) Si vous souhaitez parrainer le développement de notre projet, vous pouvez aller sur le site web afdian (https://ifdian.net/a/starlitnightly) et nous parrainer. Copyright © 2024 [112 Lab](https://112lab.asia/).
Ce projet est sous licence [GPL3.0](../LICENSE). [docs-feat-provider]: https://starlitnightly.github.io/omicverse/