English | 中文 | 日本語 | Deutsch | Français | 한국어 | | | | ------- | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ | | CI/CD | [![pre-commit.ci status][precommit-badge]][precommit-link] | | Docs | [![Documentation Status][readthedocs-badge]][readthedocs-link] [![Preprint][preprint-badge]][preprint-link] | | Package | [![PyPI - Version][pypi-badge]][pypi-link] [![pypi download][pypi-download-badge]][pypi-download-link] [![Conda-forge badge][conda-forge-badge]][anaconda-link] [![Docker image][docker-badge]][docker-link] | | Meta | [![scverse-badge]][scverse-link] [![License][license-badge]][license-link] [![Star][star-badge]][star-link] [![Citations][citation-badge]][citation-link] | [precommit-badge]: https://github.com/Starlitnightly/omicverse/workflows/py310|py311/badge.svg [precommit-link]:https://github.com/Starlitnightly/omicverse/ [readthedocs-badge]:https://readthedocs.org/projects/omicverse/badge/?version=latest [readthedocs-link]:https://omicverse.readthedocs.io/en/latest/?badge=latest [preprint-badge]: https://img.shields.io/badge/DOI-10.1038/s41467.024.50194.3-368650.svg [preprint-link]: https://doi.org/10.1038/s41467-024-50194-3 [pypi-badge]: https://img.shields.io/pypi/v/omicverse [pypi-link]: https://pypi.org/project/omicverse [pypi-download-badge]:https://static.pepy.tech/badge/omicverse [pypi-download-link]:https://pepy.tech/project/omicverse [conda-forge-badge]: https://img.shields.io/conda/dn/conda-forge/omicverse?logo=Anaconda [anaconda-link]: https://anaconda.org/conda-forge/omicverse [docker-badge]: https://img.shields.io/badge/docker-image-blue?logo=docker [docker-link]: https://img.shields.io/docker/pulls/starlitnightly/omicverse [license-badge]: https://img.shields.io/badge/license-GNU-blue [license-link]: https://img.shields.io/apm/l/vim-mode [scverse-badge]: https://img.shields.io/badge/scverse-ecosystem-blue.svg?labelColor=yellow [scverse-link]: https://scverse.org/ [star-badge]:https://img.shields.io/github/stars/Starlitnightly/omicverse [star-link]:https://github.com/Starlitnightly/omicverse [citation-badge]:https://citations.njzjz.win/10.1038/s41467-024-50194-3 [citation-link]:https://doi.org/10.1038/s41467-024-50194-3
**`OmicVerse v2`** es un proyecto unificado de Python para transcriptómica y análisis multi-ómicos modernos. Cubre RNA-seq bulk, análisis de célula única, transcriptómica espacial, visualización, análisis basados en modelos y flujos de trabajo asistidos por IA. Para más contexto, lee nuestro artículo: [OmicVerse: a framework for bridging and deepening insights across bulk and single-cell sequencing](https://www.nature.com/articles/s41467-024-50194-3) > [!IMPORTANT] > > **Danos una estrella**, recibirás todas las notificaciones de lanzamiento de GitHub sin demora ~ ⭐️ > > Si te gusta **OmicVerse** y quieres apoyar nuestra misión, considera hacer una [💗donación](https://ifdian.net/a/starlitnightly) para apoyar nuestros esfuerzos.
Historial de Estrellas
## `1` [Introducción][docs-feat-provider] **OmicVerse v2** es un proyecto unificado de Python para análisis modernos de transcriptómica y multi-ómica. Reúne RNA-seq bulk, análisis de célula única, transcriptómica espacial, visualización, análisis basados en modelos y flujos de trabajo asistidos por IA en un mismo paquete y sistema de documentación. > [!NOTE] > OmicVerse v2 está organizado ahora como una plataforma de análisis más amplia, no como un paquete de un solo método. Además de los módulos principales de análisis, incorpora flujos de trabajo tipo agente mediante **J.A.R.V.I.S.**, servicio de herramientas basado en MCP para clientes de IA y un sistema creciente de documentación y tutoriales en `omicverse_guide`. ![omicverse-light](https://raw.githubusercontent.com/Starlitnightly/ImageStore/main/omicverse_img/background_light.png#gh-light-mode-only) ![omicverse-dark](https://raw.githubusercontent.com/Starlitnightly/ImageStore/main/omicverse_img/background_dark.png#gh-dark-mode-only) ## `2` [Estructura de Directorios](#) ````shell . ├── omicverse # Paquete principal de Python ├── omicverse_guide # Archivos de documentación ├── omicverse_web # Plataforma web de análisis ├── sample # Algunos datos de prueba ├── LICENSE └── README.md ```` ## `3` [Comenzando](#) OmicVerse se puede instalar a través de conda o pypi y necesitas instalar `pytorch` primero. Consulta el [tutorial de instalación](https://starlitnightly.github.io/omicverse/Installation_guild/) para pasos de instalación más detallados y adaptaciones para diferentes plataformas (`Windows`, `Linux` o `Mac OS`). Puedes usar `conda install omicverse -c conda-forge` o `pip install -U omicverse` para la instalación. Consulta la documentación y tutoriales en [página de omicverse](https://starlitnightly.github.io/omicverse/) o [omicverse.readthedocs.io](https://omicverse.readthedocs.io/en/latest/index.html). ## `4` [Introducción a J.A.R.V.I.S](#) ### 4.1 OpenClaw OmicVerse ahora permite análisis interactivos directos con el proyecto OpenClaw. Por ejemplo: ```bash omicverse claw 'help me annotate the lung scrna-seq' ``` Este módulo está soportado por `ov.Agent` y resulta útil para analizar `AnnData` mediante conversación. El tutorial completo puede encontrarse [aquí](https://omicverse.readthedocs.io/en/latest/Tutorials-llm/t_ov_agent_pbmc3k/) ### 4.2 Servidor MCP (Model Context Protocol) OmicVerse ofrece un servidor MCP que expone herramientas de análisis registradas a asistentes de IA como Claude Code mediante el estándar [Model Context Protocol](https://modelcontextprotocol.io/). ```bash # Instalar con dependencias de MCP pip install -e "omicverse[mcp]" # Iniciar el servidor (transporte stdio) python -m omicverse.mcp # o: omicverse-mcp python -m omicverse.mcp --phase P0 # solo herramientas del flujo principal ``` El tutorial completo puede encontrarse [aquí](https://omicverse.readthedocs.io/en/latest/Tutorials-llm/t_mcp_guide/) ### 4.3 Sistema de mensajes J.A.R.V.I.S Si quieres analizar `AnnData` desde el móvil o desde un canal de mensajería, puedes probar: ```bash # Instalar con dependencias de jarvis pip install "omicverse[jarvis]" # Iniciar J.A.R.V.I.S mediante Telegram omicverse jarvis --channel telegram --token "$TELEGRAM_BOT_TOKEN" ``` El tutorial completo puede encontrarse [aquí](https://omicverse.readthedocs.io/en/latest/Tutorials-jarvis/t_msg_bot_overview/) ## `5` [Marco de Datos y Referencia](#) omicverse se implementa como una infraestructura basada en las siguientes cuatro estructuras de datos.
pandas anndata numpy mudata
--- La tabla contiene las herramientas que han sido publicadas
Scanpy
📦 📖		 dynamicTreeCut
📦 📖		 scDrug
📦 📖		 MOFA
📦 📖		 COSG
📦 📖		 CellPhoneDB
📦 📖
AUCell
📦 📖		 Bulk2Space
📦 📖		 SCSA
📦 📖		 WGCNA
📦 📖		 StaVIA
📦 📖		 PyDESeq2
📦 📖
NOCD
📦 📖		 SIMBA
📦 📖		 GLUE
📦 📖		 MetaTiME
📦 📖		 TOSICA
📦 📖		 Harmony
📦 📖
Scanorama
📦 📖		 Combat
📦 📖		 TAPE
📦 📖		 SEACells
📦 📖		 Palantir
📦 📖		 STAGATE
📦 📖
scVI
📦 📖		 MIRA
📦 📖		 Tangram
📦 📖		 STAligner
📦 📖		 CEFCON
📦 📖		 PyComplexHeatmap
📦 📖
STT
📦 📖		 SLAT
📦 📖		 GPTCelltype
📦 📖		 PROST
📦 📖		 CytoTRACE 2
📦 📖		 GraphST
📦 📖
COMPOSITE
📦 📖		 mellon
📦 📖		 starfysh
📦 📖		 COMMOT
📦 📖		 flowsig
📦 📖		 pyWGCNA
📦 📖
CAST
📦 📖		 scMulan
📦 📖		 cellANOVA
📦 📖		 BINARY
📦 📖		 GASTON
📦 📖		 pertpy
📦 📖
inmoose
📦 📖		 memento
📦 📖		 GSEApy
📦 📖		 marsilea
📦 📖		 scICE
📦 📖		 sude
📦 📖
Geneformer
📦 📖		 scGPT
📦 📖		 scFoundation
📦 📖		 UCE
📦 📖		 CellPLM
📦 📖		 kb-python
📦 📖
Scaden
📦 📖		 BayesPrism
📦 📦 📖		 InstaPrism
📦 📖		 CellTypist
📦 📖		 latentvelo
📦 📖		 graphvelo
📦 📖
scvelo
📦 📖		 Dynamo
📦 📖		 CONCORD
📦 📖		 FlashDeconv
📦 📖		 Hotspot
📦 📖		 Banksy
📦 📖
STAR
📦 📖		 fastp
📦 📖		 featureCounts
📦 📖		 edgeR
📦 📖		 spaco
📦 📖		 gsMap
📦 📖
Monocle 2
📦 📖		 cell2location
📦 📖		 bin2cell
📦 📖		 CellCharter
📦 📖		 SpaceFlow
📦 📖		 SpatialDE
📦 📖
DoubletFinder
📦 📖		 scTenifoldKnk
📦 📖		 scFEA
📦 📖		 scMetabolism
📦 📖		 MEBOCOST
📦 📖		 Compass
📦 📖
--- **Paquetes incluidos no publicados o preprint** - [1] [Cellula](https://github.com/andrecossa5/Cellula/) es proporcionar un kit de herramientas para la exploración de scRNA-seq. Estas herramientas realizan tareas comunes de análisis de células individuales - [2] [pegasus](https://github.com/lilab-bcb/pegasus/) es una herramienta para analizar transcriptomas de millones de células individuales. Es una herramienta de línea de comandos, un paquete de python y una base para flujos de trabajo de análisis basados en la nube. - [3] [cNMF](https://github.com/dylkot/cNMF) es una canalización de análisis para inferir programas de expresión génica a partir de datos de RNA-Seq de células individuales (scRNA-Seq). ## `6` [Contacto](#) - Zehua Zeng ([starlitnightly@gmail.com](mailto:starlitnightly@gmail.com) o [zehuazeng@xs.ustb.edu.cn](mailto:zehuazeng@xs.ustb.edu.cn)) - Lei Hu ([hulei@westlake.edu.cn](mailto:hulei@westlake.edu.cn)) ## `7` [Guía del Desarrollador y Contribución](#) Si deseas contribuir a omicverse, consulta nuestra [documentación para desarrolladores](https://omicverse.readthedocs.io/en/latest/Developer_guild/). ### Ejecutar pruebas localmente Instala las dependencias de prueba y ejecuta la suite con `pytest`: ```bash pip install -e .[tests] # o instala los requisitos más recientes fijados pip install -r requirements-latest.txt pytest ``` El extra opcional `tests` y el archivo `requirements-latest.txt` ya incluyen `pytest-asyncio>=0.23`, que es necesario para las pruebas asíncronas de streaming en `tests/utils/`.



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## `8` [Cita](https://doi.org/10.1038/s41467-024-50194-3) Si usas `omicverse` en tu trabajo, cita la publicación de `omicverse` de la siguiente manera: > **OmicVerse: a framework for bridging and deepening insights across bulk and single-cell sequencing** > > Zeng, Z., Ma, Y., Hu, L. et al. > > _Nature Communication_ 16 Jul 2024. doi: [10.1038/s41467-024-50194-3](https://doi.org/10.1038/s41467-024-50194-3). Aquí hay algunos otros paquetes relacionados, ¡siéntete libre de referenciarlos si los usas! > **CellOntologyMapper: Consensus mapping of cell type annotation** > > Zeng, Z., Wang, X., Du, H. et al. > > _imetaomics_ 6 Nov 2025. doi: [10.1002/imo2.70064](https://doi.org/10.1002/imo2.70064). ## `9` [Otros](#) Si deseas patrocinar el desarrollo de nuestro proyecto, puedes ir al sitio web de afdian (https://ifdian.net/a/starlitnightly) y patrocinarnos. Copyright © 2024 [112 Lab](https://112lab.asia/).
Este proyecto tiene licencia [GPL3.0](../LICENSE). [docs-feat-provider]: https://starlitnightly.github.io/omicverse/