# @dsh-bio/dsh-bio-genie v0.6.43

> **主题**：公开信息审计复核修复批次（无功能变更）。
> 生物信息学「许愿式分析」宿主插件：62 个工具（57 语义化 + 5 执行器/元工具）、50 个 skill 注册条目、零依赖自举 Python 环境。

## 修复与整理

**文档与一致性（本批全部为文档/注释层）**
- 集成检查文档（`docs/plugin-integration.md`）：验收矩阵改写为「集成检查方法（预期行为）」，去掉历史现场计数与已执行断言。
- 数值单位说明统一（生长值以返回体 `units` 为准：归一化 biomass 为 1/h；一般反应通量为 mmol/gDW/h）。
- 计数一致性：英文 README 协议模板 19；兼容性表格管道符转义修正（双线 peer 范围正常渲染）。
- 许可与归属：第三方许可文本完善；示例与链接修正。
- 过程叙事中性化：移除内部开发过程记录（事故叙事、受影响会话统计、决策来源等），保留约束条件与回归目的。

## 安装

```sh
# 全局装了 dsh CLI：
dsh plugin --profile web add @dsh-bio/dsh-bio-genie
# 或经 npx（无需全局 CLI）：
npx -y @deepseek-ai/dsh plugin --profile web add @dsh-bio/dsh-bio-genie
```

- 安装后**重启 dsh**；首次启动自动引导 Python 环境（uv + Python 3.12 + venv + biopython，约 1–2 分钟）。
- **0.2.0+（含官方桌面端）**：装完即有「生物基因精灵」preset，无需任何后置动作。

## 已知边界（诚实清单）

- 其余边界见 v0.6.36 清单（qblast 排队、短序列放宽、第二层依赖按需补装等）。
- `bio_deseq2` 为归一化 Welch 近似实现（非完整 DESeq2）；引用结论时按返回体 `method` 字段如实转述。