# @dsh-bio/dsh-bio-genie v0.6.36

> **跨版本说明**：npm 上此前 latest 为 0.6.26，本版为 0.6.27–0.6.36 共 10 个 patch 的累积发布（8 项能力缺口补齐 + 一轮审计修复）。建议直接升级。
> 生物信息学「许愿式分析」宿主插件：62 个工具（57 语义化 + 5 执行器/元工具）、50 个 skill 注册条目、零依赖自举 Python 环境。

## 亮点

**本轮审计修复（0.6.36 新增）**
- **webServer 改为可选依赖动态注入**：修复「缺少 webServer 的部署中整插件保持 pending、62 个工具注册为 0」的启动级缺陷；无 webServer 时工具照常注册，有 webServer 时面板路由正常注册（新增 `test/optional-injection.mjs` 回归）。
- **qblast 排队 deadline**：`bio_blast_search` 增加本地总 deadline（默认 540s，先于执行层 600s 硬杀线）——服务端排队超时主动放弃并返回**带指引的结构化错误**，不再被硬杀后无任何返回体；排队超时刻意不触发网络重试（重试只会再排一次队）。
- **Entrez 报错友好化**：不支持的 `db` 报错附常用库清单与 E-utilities 边界说明（原为底层 RuntimeError 原样透传）。
- **测试门禁加固**：子进程非零退出 fail-closed（即使 stdout 是合法 JSON）；接入此前存在但未纳入门禁的 3 个测试套件。

**0.6.27–0.6.35 累积**：对标生信工具集的 8 项能力缺口补齐（Addgene 质粒库检索/UniProt/内含子与点阵图/系统发育比较/RNA 折叠/单细胞 QC 等）+ NGS 流水线协议 + 若干健壮性修复（超时文案、Biopython 1.88 API 陷阱文档等）。

**引擎兼容（2026-09-19）**：经 dsh **0.1.5-rc.2** 走廊逐卡走查（v0.1.3-alpha.2 → 0.1.5-rc.2 共 55 张变更卡逐卡核对：零适配命中）与实机验证（全新安装 + 工具注册 + Python 冷启动引导 + 设置面板 7 tab + 会话 E2E）。

## 安装

```sh
# 全局装了 dsh CLI：
dsh plugin --profile web add @dsh-bio/dsh-bio-genie
# 或经 npx（无需全局 CLI）：
npx -y @deepseek-ai/dsh plugin --profile web add @dsh-bio/dsh-bio-genie
```

- 安装后**重启 dsh web**；首次启动自动引导 Python 环境（uv + Python 3.12 + venv + biopython，约 1–2 分钟）。
- ⚠️ **pnpm v11 会拦插件的 postinstall**（agent preset 复制）：若打印 `[ERR_PNPM_IGNORED_BUILDS]`，按 README「安装后必须批准构建脚本」章批准一次（支持免交互：改 `pnpm-workspace.yaml` 的 allowBuilds 占位值为 `true` 后重跑 add）。npm 安装的键含版本号，每次升级需重批一次。

## 验证口径

- `npm run bench` 19 个套件全绿（含面板版本一致性、文档计数、全 op 回归）。
- 实机 E2E：全新 dsh 环境安装 → 62 工具注册 → bio_env 环境就绪 → 序列分析/引物设计会话正常 → BioGenie 设置面板 7 tab 数据正常。

## 已知边界（诚实清单）

- qblast 排队 >540s 会主动放弃（返回 RID 级续查不在本轮范围）。
- BLAST 短序列（<30nt）会自动放宽 word_size/expect 并告警；显式传入严格 expect 时保留用户值并给出 0 命中诊断（服务端过滤属正常行为，非故障）。
- 第二层依赖按需自动补装（首次调用对应工具时触发，数十秒）；`bio_python` 内直接 import 未装包仍会失败，请走对应语义化工具。
- 高级设计器（DNAchisel 等）为可选安装，缺失时相关工具优雅降级并给出安装指引。